Вчена рада університету є колегіальним органом, виборні представники якого обираються на п'ять років Конференцією трудового колективу Університету за поданням структурних підрозділів, в яких вони працюють.
До складу Вченої ради входять за посадами проректори, декани, головний бухгалтер, керівники органів самоврядування Університету, а також виборні представники від науково-педагогічних працівників, яких обирають з числа завідувачів кафедр, професорів, докторів наук; виборні представники від інших працівників Університету, які працюють у вузі на постійній основі, відповідно до квот, визначених Статутом університету.
Склад Вченої ради затверджується наказом ректора Університету та переглядається за результатами виборів чи у випадках кадрових змін.
Компетенція Вченої ради університету:
Рішення Вченої ради Університету набирають чинності після їх затвердження Ректором.
Положення про Вчену раду ЗДМФУ
Положення про Конференцію трудового колективу ЗДМФУ
Положення про порядок розгляду кандидатур щодо присвоєння вчених звань у ЗДМФУ
Положення про Комісію з трудових спорів ЗДМУ
Положення про Спільну Вчену раду медичних та міжнародних факультетів ЗДМУ
Положення про Вчену раду факультету післядипломної освіти ЗДМУ