З 1992 р. на базі кафедри госпітальної хірургії ЗДМФУ в Запорізькій обласній клінічній лікарні функціонують Центр серцево-судинної хірургії та міжобласний Центр трансплантації органів і гемодіалізу, де працюють кардіохірурги, хірурги-трансплантологи, анестезіологи, імунологи і нефрологи, підготовлені в провідних світових центрах трансплантації і кардіохірургії.
В Центрі трансплантації у жовтні 1992 р. професор О.С. Никоненко із співробітниками виконав першу пересадку нирки, в 1994 р. – вперше в Україні трансплантовано печінку, в 1996 р. – пересаджено нирку і підшлункову залозу.
У лютому 2003 р. професором О.С. Никоненко і його співробітниками вперше в Україні проведено успішну трансплантацію серця.
Сьогодні в центрі трансплантації, під керівництвом академіка НАН України, заслуженого діяча науки і техніки України, професора О.С. Никоненка планово виконують трансплантації нирок і гемодіалізи, трансплантації печінки і бета-клітин підшлункової залози при цукровому діабеті.
З 1994 р. в Центрі серцево-судинної хірургії цілодобово надається екстрена допомога при інфаркті міокарда і тромбоемболії легеневої артерії (екстрена ангіографія і селективний тромболізис, стентування коронарних артерій).
За комплекс наукових робіт з хірургічного лікування ішемічної хвороби серця професор О.С. Никоненко і професор О.В. Губка у 2000 році удостоєні Державної премії України.
Сьогодні в Центрі серцево-судинної хірургії хворим з вродженими та набутими вадами серця виконуються операції з імплантації штучних клапанів серця; з ішемічною хворобою серця – коронарографії, стентування коронарних артерій, аорто-коронарні шунтування, імплантації кардіостимуляторів; хворим з тромбоемболією легеневої артерії – селективні тромболізиси, а також реконструктивні операції на судинах при аневризмі аорти і стенозі брахіоцефальних артерій.