Структура

В структурі університету 7 факультетів: перший, другий та третій медичні, два фармацевтичних факультети (денної та заочної форми навчання), міжнародний факультетта підготовчий факультет для іноземних громадян; Навчально-науковий інститут післядипломної освіти,  61 кафедра, медичний коледж, науково-навчальний медичний центр "Університетська клініка".

Студенти, бакалаври, інтерни, магістри, аспіранти, докторанти та курсанти післядипломної освіти навчаються на 61 кафедрі університету.

Університет – лідер серед вищих медичних навчальних закладів країни за розвиненою матеріально-технічною базою, інфраструктурою наукових лабораторій і комп’ютерних класів, дистанційним навчанням і телемедициною. Навчання в ЗДМФУ проводиться з використанням найсучасніших науково-педагогічних технологій. Університет має 61 комп’ютерний клас, в навчальному і науковому процесі використовується  понад 1935 комп’ютерів, які дозволяють виконувати навчальну програму, засновану на мультимедійних технологіях. Комп’ютеризовані всі технологічні процеси в бібліотеці, вся територія студентського містечка є WI-Fi зоною.

Практичні навички студенти університету опановують в  30 лікувально-профілактичних закладах, 12 стоматологічних центрах, 107 базових аптеках, а лікарі і провізори  післядипломної освіти практикують в 303 медико-фармацевтичних закладах і в 11 лікувально-діагностичних центрах.  

Університетська клініка має стаціонар на 160 ліжок, поліклініку на 240 відвідувань у зміну, консультативний центр професорів Університету за 36 медичними спеціальностями, сучасну лабораторію патоморфологічної і імуногістохімічної діагностики, центр метаболічних розладів, центр геронтології, центр респіраторної патрології і алергології. У 2012 році відкрито «Діагностичний центр здоров’я», який не має аналогів в Україні за діагностичними програмами та профілактичним напрямом роботи.

ЗДМФУ є учасником міжнародного освітнього проекту «Телемедицина», при університетському Центрі дистанційної освіти та телемедицини створена мережа класів дистанційного навчання у центральних районних лікарнях і медичних коледжах Запорізької області, а також у містах Одеса, Кривий Ріг, Дніпропетровськ, Миколаїв.

За показниками ліцензійного інтегрованого іспиту "Крок-2" офіційного рейтингу МОЗ України університет посідає 2 місце в Україні й 1 місце – за показником іспиту "Крок-3".

За результатами проведеного зовнішнього аудиту Органом з сертифікації систем якості "УКРСЕРТ" 12 червня 2014 року Запорізький державний медичний університет отримав сертифікат відповідності системи управління якістю вимогам ДСТУ ISO 9001:2009 (ISO 9001:2008), зареєстрований у Реєстрі Системи сертифікації «РОСУКРСЕРТ» № 8О059-0315-14. Сертифікат підтверджується щорічно.

Наукові підрозділи Запорізького державного медико-фармацевтичного університету:

• НДІ медико-екологічних проблем,
• Інститут клінічної патології людини,
• Навчально-науковий медико-лабораторний центр з віварієм,
• сертифікаційно-іспитова лабораторія парфумерно-косметичних товарів і товарів побутової хімії,
• відділ аспірантури і докторантури,
• редакційно-видавничий комплекс,
• служба інноваційної діяльності та трансферу технологій,
• метрологічна служба.

Виконання більшості наукових досліджень викладачів і студентів зосереджено в оснащених сучасним обладнанням навчальному медио-лабораторному Центрі  і Інституті клінічної патології людини, лабораторно-біохімічні і клініко-інструментальні дослідження виконуються в Університетській клініці, а також   в міжкафедральних лабораторіях.  Аналіз якості парфумерно-косметичних товарів проводиться в акредитованій Національним Агентством України сертифікаційно-іспитовій лабораторії парфумерно-косметичних товарів і товарів побутової хімії, аналіз стану навколишнього середовища та токсико-гігієнічне регламентування виконується  в НДІ медико-екологічних проблем.

В потужному навчальному медико-лабораторному Центрі для науковців і студентів завжди відриті двері відділів молекулярної і клітинної біології, морфометрії і денситометрії,  експериментальної фармакології і функціональної біохімії, а також лабораторій органічного синтезу біологічно активних сполук, елементного аналізу синтезованих речовин,  фізико-хімічного аналізу, мікробіологічна лабораторія і сучасна лабораторія медико-генетичного консультування і репродуктивної корекції.

Співробітники ЗДМФУ займаються розробкою трьох головних наукових напрямків:

• Вивчення нейроендокринних і імунних механізмів регуляції морфогенезу та функції органів в нормі і в патології;
• Розробка патогенезу серцево-судинних захворювань, впровадження методів їх діагностики, профілактики і лікування;
• Пошук, синтез і аналіз нових біологічно активних сполук і лікарських засобів.

Широко відомі в Україні і за її межами сформовані в ЗДМУ 15 оригінальних наукових шкіл у сфері фундаментальних досліджень, клінічної медицини та фармації.

В університеті працюють Спеціалізовані ради ДАК України із захисту кандидатських і докторських дисертацій за спеціальностями: "Внутрішні хвороби" (14.01.02), "Кардіологія" (14.01.11), "Педіатрія" (14.01.10), "Фармацевтична хімія і фармакогнозія" (15.00.02), "Технологія ліків, організація фармацевтичної справи та судова фармація" (15.00.01), "Нормальна анатомія" (14.03.01), "Патологічна анатомія" (14.03.02), "Патологічна фізіологія" (14.03.04).

Університет регулярно видає фахові науково-практичні журнали: "Запорізький медичний журнал", "Патологія" та "Актуальні питання фармацевтичної і медичної науки та практики", які включені в міжнародні наукометричні бази, репозитарії, електронні бібліотеки США, Великобританії, Франції, Німеччини, Японії, Польщі,  Індії, Марокко. 

Університет щорічно проводить 10–15 Всеукраїнських науково-практичних конференцій з міжнародною участю.